Segundo a Embrapa, que desenvolveu o processo de produção do vaso de xaxim agroecológico, não é necessário utilizar um substrato específico para a confecção do xaxim agroecológico, mas a obtenção de produtos de qualidade depende, também, da qualidade dos substratos utilizados, que devem estar estabilizados, apresentar elevados teores de nutrientes e possuir boa capacidade de retenção de água.

É fundamental que os substratos empregados na produção do xaxim estejam isentos de contaminação biológica. Muitos substratos são obtidos com matérias-primas que podem apresentar elevada carga de contaminação biológica, como é o caso do esterco bovino, o qual pode estar contaminado com enteropatógenos de alta periculosidade para a saúde humana, como Escherichia coli e Salmonella. Geralmente, o xaxim é usado em ambiente doméstico e não pode, assim, constituir uma fonte de risco para os seus consumidores. Quando o substrato é obtido a partir de materiais que podem apresentar grande teor de contaminação biológica, é preciso assegurar-se de que essa contaminação seja eliminada durante o processo de produção do substrato ou do xaxim.

Também é necessário que o substrato apresente elevada quantidade de matéria orgânica. Muitos materiais, como o húmus de minhoca, podem apresentar níveis de matéria orgânica abaixo de 50%, o que gera a produção de vasos muito pesados e quebradiços, além de causar redução na eficiência para proporcionar condições ideais de desenvolvimento das plantas a serem cultivadas no xaxim.

Recomenda-se o uso de substratos de origem inteiramente vegetal. A Embrapa desenvolveu substratos obtidos por meio da compostagem de formulações à base de capim-elefante ou bagaço de cana, misturado com torta-de-mamona. Os substratos inteiramente vegetais oferecem diversas vantagens, como o emprego, em sua produção, de materiais de fácil obtenção, e que apresentam reduzida carga de contaminação biológica; podem ser produzidos em pequenas áreas, sem necessidade de infraestrutura e equipamentos especiais; apresentam elevado teor de matéria orgânica e de nutrientes; e têm comprovada eficiência para a produção de xaxins. São produtos que podem ser certificados como orgânicos.

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